企业使用ETC设备支付的通行费，可以通过增值税电子发票进行税款抵扣。具体来说，如果发票左上角标注有“通行费”字样，并且“税率”栏明确显示了适用的税率或征收率，这样的发票被视为征税发票，可以按照发票上标明的“税额”进行抵扣。

然而，需要注意的是，如果发票左上角没有“通行费”字样，且“税率”栏显示为“不征税”，或者“税额”栏没有金额显示，这类发票则被认定为不征税发票，是不能用于抵扣税款的。

企业在使用ETC设备时，应当仔细检查电子发票上的详细信息，以确保能够正确进行税款抵扣。此外，企业还应保持对相关税务法规的持续关注，确保操作合规，避免不必要的税务风险。

对于企业来说，准确理解和应用这些规则，对于有效管理和减少税负至关重要。及时更新财务管理系统，以适应最新的税务政策和要求，也是企业应当考虑的重要事项。

建议企业在实际操作中，可以咨询专业的税务顾问或会计师，确保所有操作符合法律法规，避免因操作不当导致的税务问题。

总之，正确理解和应用ETC通行费抵扣规则，不仅能够帮助企业节省成本，还能提高财务管理的效率和准确性。