根据浙江省委办公厅和省政府办公厅的深化完善政府机构改革方案（浙委办〔2005〕9号），衢州市经济委员会，作为市政府组成部门，主要负责全市工业经济的管理和经济运行协调，同时挂名衢州市中小企业局，以增强服务职能。

委员会设有多个职能处室，如政策法规处负责起草综合性经济政策，审核产业政策和行业行政措施；综合处负责工业经济运行监测与分析，提出解决方案；企业管理处指导企业发展和企业管理，支持企业国际化战略；中小企业处致力于中小企业工作指导，维护企业合法权益；工业投资与规划处负责工业项目的投资管理和技术改造；工业园区处负责工业区管理和规划；技术装备处关注技术创新和工业信息化；资源能源处负责资源节约与新能源开发；电力处负责电力行业管理；市场与外经处则负责市场体系的完善和国际市场开拓。

各处室的职责涵盖政策制定、经济运行协调、企业服务、产业升级、环保节能、市场秩序、国际经济合作等多个领域，确保衢州市经济的持续健康发展。