衡山县科技局的主要职能包括贯彻执行科技发展战略，推动科技创新，以及服务经济与社会发展。该局的核心任务是:

研究和实施科技促进经济与社会的方针、政策，推动科技创新体系建设，提升全县的科技创新能力，落实科技兴县的方针。

制定科技发展规划和年度计划，参与跨部门、综合性的重大科技项目论证和决策，指导科技基地建设。

负责科技项目的验收，管理科技成果鉴定、登记等工作，推动科技成果的转化和推广。

推进科技体制改革，建立适应市场经济和科技规律的科技创新体制，指导部门和乡镇的科技体制改革。

探索多渠道增加科技投入，管理科学事业费和科技专项经费。

聚焦高新技术产业发展，促进高新技术开发与应用，负责相关计划的制定和实施，开展产学研合作和科技招商活动。

支持“科技兴农”，组织农业高新技术示范，指导农业科技园区建设和扶贫工作。

负责科技成果、科技奖励、保密、科技市场和专利技术等工作，维护知识产权。

管理科技外事事务，规划和实施对外科技合作与交流，负责项目的审核和申报。

负责科技信息与宣传工作，建立科技信息网络和数据库。

主管全县防震减灾工作。

指导协调全县科技管理工作，审批民办科研机构。

全面完成县委、县政府和上级业务部门交付的其他任务。