我国农业机械化目前存在的主要问题包括：

1. 研究基础薄弱：农机化科研缺乏足够的基储数据积累，对土壤、作物与机器互作机理的研究不足。这导致现代农业生产和健康养殖新工艺设计理论缺乏，原创性突破少，难以满足我国多样化的地域、作物、农艺需求和可持续发展目标。

2. 技术模式不明确：耕作方式如旋耕、犁耕、深松和免耕等没有得到优化组合，造成土壤耕层浅实少、有机质低且分布不均。不同作物和地区的最佳种植方式缺乏科学论证。收获方面的技术路线，如油菜、马铃薯的分段收获与联合收获，甘蔗整秆收获与切断收获，牧草刈割与饲草青贮致密收获等，亦不明确。丘陵山区机械化的发展路径同样不明确。

3. 农机农艺结合不紧密：缺乏与机械化相结合的高产优质品种和标准化栽培模式。机械化与规模化结合不紧密，饲草料生产机械化技术研究滞后。家庭农场种养一体化模式和技术需要完善，设施园艺的标准化机械化程度有待提高。

4. 技术系统不完整：缺乏对农业机械化的系统研究与技术集成，没有形成完整的全程机械化技术模式和标准化的机器配置系统。关键配套技术与机具不足，粮经饲种植和畜禽水产养殖中的省力、节水、节肥等技术之间缺乏有效的衔接与配套。技术规范不健全，与转变农业发展方式的要求不相适应。