容器育苗工作开始还不久，有关制作容器的材料、形状和规格尚未定型；营养基质的配制、施肥、病虫害防治等栽培技术，还有许多问题要进一步研究解决；造林的效果也有待今后验证。在现阶段存在的主要问题是：

（1）需要大量优质土壤配制营养土

用直径8厘米的泥炭容器，每立方米营养土仅能装填3300～3400个容器，按每年造林200公顷并每公顷栽植3000株计算，每年即需用营养土180米3。

（2）育苗技术比较复杂

容器育苗是高度集约的栽培工作，而且目前使用的容器大多是小型的，要在局限的土壤内培育出生活力强的苗木，有很高的技术要求，需要专门的植物生理、生态等基础知识及育苗的实际经验。例如，容器是与地面隔离的，不可能利用地中水分，要经常采用人工灌水以免容器苗缺水而死，但灌水的程度要适当，灌水这个环节对育苗的成败有时起着决定性的作用。

（3）育苗的成本较高

据日本报道用泥炭容器育苗，其成本要比普通苗高出60%。

（4）苗木运输费用较高

容器苗在重量和体积上的增加，使运输费用大幅度的增加，一般要高出2倍左右。同时，在造林地上容器苗的短途搬运，都是依靠人力，劳动强度较大。

（5）要求集约的造林措施

容器苗大多是小型的，造林前一般都要求细致整地，造林后更要及时加强除草等抚育工作。