自1991年成立以来，国立爱沙尼亚音乐学院的国际影响力逐渐提升，与全球音乐界的联系日益紧密。它首先与俄罗斯的莫斯科和圣彼得堡音乐学院建立了合作伙伴关系。在2002-2003学年，学院迎来了更为广泛的国际交流，来自欧洲21个国家的21所音乐学院，如奥地利的萨尔斯堡音乐学院、比利时的伊哲萨斯音乐学院和西班牙的马德里皇家音乐学院等，都与爱沙尼亚国立音乐学院签订了合作协议。这些合作涵盖交流演出、学生交流学习以及联合音乐会等多种形式。

2004年，爱沙尼亚正式成为欧盟成员国，这为国立音乐学院带来了新的机遇，使其能够更深地融入欧洲的音乐体系。学院的毕业生凭借出色的教育和表演，普遍受到各国皇家乐团的青睐，或在世界各地的知名音乐院校担任教职，彰显了其国际地位的不断提升。