北京在日语中的读音是“ペキン”。

日语中的汉字大多数来源于中文，但由于历史、文化和语言的演变，许多汉字的发音在两种语言中并不相同。对于“北京”这个词，日语中的发音与中文普通话的发音有所区别。在日语中，“北”发音为“ペき”，“京”发音为“ン”，组合起来就是“ペキン”。这种发音差异是两种语言各自独立发展的结果。

在日语中，外来语的发音通常遵循一定的规律，但对于汉字词的发音，则更多地保留了古代的发音方式。因此，对于学习日语的人来说，掌握汉字词的正确发音是一项重要的学习任务。同时，对于学习中文的人来说，了解汉字在日语中的发音也有助于理解两国语言之间的差异和联系。