在选择南通科技职业学院和扬州职业大学时，扬州职业大学更受欢迎。南通科技职业学院曾是农学院，而在南通的地方职校中，农学院的水平相对较弱。由于缺乏定向就业的专业，毕业生的就业情况并不乐观。相比之下，扬州职业大学作为扬州市排名靠前的专科院校，其专业设置更加丰富，能够提供更多的学习选择。此外，扬州职业大学的学生整体素质较高，师资力量也领先于南通科技职业学院。

扬州职业大学的专业设置较为多样，涵盖了多个领域，为学生提供了广泛的学习机会。这不仅有助于学生根据自己的兴趣和职业规划选择合适的专业，还能促进他们在不同领域的知识和技能发展。另一方面，南通科技职业学院在专业特色方面略显不足，专业选择相对较为普通，缺乏鲜明的特色。

扬州职业大学的学生整体素质较高，这意味着学生在学术能力、团队合作和社交能力等方面表现出色。这种较高的综合素质有助于他们在未来的职业生涯中脱颖而出。而南通科技职业学院在师资力量方面则略逊一筹，这可能会影响到学生在学习过程中获得的支持和指导。

总的来说，扬州职业大学在专业设置、学生素质和师资力量等方面都表现出更强的优势。选择哪个学校，还需要根据个人的兴趣、职业规划以及对学校环境的适应程度来决定。建议学生在做决定前，可以亲自参观两所学校的校园，与在校学生交流，以便更全面地了解学校的情况。