细菌的形态结构特点可以分为几个主要部分：细胞壁、表面结构、附件以及内部结构。在特定条件下，一些细菌能够形成芽孢，这一过程中，原有菌体会逐渐解体。细菌的L型是由于细胞壁变异而产生的一种细胞壁缺陷型，此类细菌同样具有致病性。

细菌的表面结构主要包括细胞壁和表面粘着物。细胞壁是革兰氏阳性菌外部一层由肽聚糖构成的厚壁，而革兰氏阴性菌的细胞壁较薄，外部还有由脂双层组成的外膜，其中包含脂多糖，这种物质具有较强的抗原性，是引发细菌性休克的重要因素。

荚膜或粘液层是许多细菌细胞壁外的一种结构，主要由多糖或多肽组成，它的作用是保护细菌细胞壁，避免受到溶菌酶、补体等的损伤，同时增强细菌的致病力和侵袭力。

细菌的附件包括鞭毛和菌毛。鞭毛是细菌的运动器官，通常在革兰氏阴性菌中较为常见。菌毛则主要存在于革兰氏阳性和革兰氏阴性菌的表面，分为普通菌毛和性菌毛，后者用于细菌间的遗传物质交换。

内部结构方面，细菌的基本结构包括细胞膜、中间体、核质和核糖体等。细胞膜是由两层脂质构成的薄膜，负责营养物质的渗透和转运等功能。中间体是细胞膜内陷形成的结构，具有线粒体样的功能。核质是细菌的遗传信息库，控制细胞的代谢等活动。核糖体是蛋白质合成的场所。此外，胞质颗粒在生长旺盛的细菌中较少见，而在衰老的细菌中较为常见，它们可以是储存食物或具有特定功能的颗粒。