吉安县国家税务局的机构设置包括多个部门，每个部门承担着特定的职责：

办公室: 制定年度计划和长远规划，处理政务，起草文件，组织会议，负责文电处理、档案管理、后勤服务等，并对目标管理进行考核和督查。

办税服务厅: 提供纳税人所需的税务服务，包括税务登记、纳税申报、税款征收等，并通过信息网络系统与其他部门协作。

税源管理科: 负责全县增值税一般纳税人以及特定区域小规模纳税人和个体户的税务管理。

纳税评估科: 评估税收征管资料，审核纳税申报，辅导自查，分析评估结果，提请相关部门监控管理。

税政法规股: 实施税收政策，监督税法执行，审理重大税务案件，负责进出口贸易税收管理。

征收管理股: 贯彻征管法规，管理税务登记和纳税申报，指导个体市场税收，负责征管软件推广和应用。

稽查局: 制定稽查计划，查处城区税务违法案件，协调司法工作，负责税务案件举报。

收入核算股: 分配税收任务，进行税收统计分析，负责会计核算和财务管理。

人事教育股: 执行人事管理制度，负责干部培训、考核及离退休干部管理等。

监察室: 负责工作人员纪律检查、行政监察，处理违法违纪案件。

信息中心: 建设和维护信息系统，处理征管数据，确保网络及系统安全。

万福分局: 负责万福镇等地的税务管理。

永阳分局: 负责永阳镇等地的税务管理。

天河分局: 负责天河镇等地的税务管理。