专业合作社对社员入股的股金必须进行造册登记，按照其性质不同，分为身份股和投资股管理。身份股是社员加入合作社的基本条件，每个入社农户都需缴纳，股金数额由合作社章程规定，一般不低于50元。身份股的股金实行自愿入股和自由退社政策，不承担风险，也不参与分红。如需退股，必须在会计年度结算后进行。

投资股则可以以现金、土地使用权、实物、技术、劳动力等折价形式入股。投资股的股份比例由合作社章程确定，以技术、劳动力等入股的，其股份原则上不得超过注册资金的30%。投资股实行利益共享、风险共担，除企业清算、歇业外，投资者可以转让投资股，但不得退股。

专业合作社的股金实行专户管理，封闭式运行，只能用于合作社的生产、经营、加工和管理，不得挪作他用或放贷。