研究揭示，微卫星中的重复单位数目存在高度变异，这些变异表现为整倍性变异或序列不完全相同，导致多个位点的多态性。

据此，人们发展了SSR标记，其全称为sequence tagged microsatellite site，是目前最常用的微卫星标记之一。通过将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，根据微卫星侧翼序列人工合成引物进行PCR扩增，单个微卫星位点得以扩增。

由于单个微卫星位点重复单元数量的变异，个体的扩增产物在长度上产生变化，形成长度多态性，即简单序列重复长度多态性(SSLP)，每扩增位点代表一对等位基因。SSR标记揭示的多态性比RFLP高得多，主要得益于SSR重复单元数量的显著变化。

与其它分子标记相比，SSR标记具有数量丰富、覆盖整个基因组、多等位基因特性、遗传方式遵循孟德尔定律、共显性以及易于不同实验室间合作等优点。

因此，SSR标记广泛应用于遗传图谱构建、目标基因定位、指纹图绘制等研究领域。然而，建立SSR标记需要对微卫星侧翼序列进行克隆、测序、人工设计合成引物以及标记定位和作图等基础性研究，其开发费用较高，各实验室需合作才能开发更多标记。

鉴于SSR标记的应用价值和种属特异性，目前在主要农作物中已进行合作，共同开发STMS引物。

扩展资料

SSR(Si mple Sequence Repeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术,也称为微卫星DNA(MicrosatelliteDNA),是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列.由于每个SSR两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列