企业单位适用企业会计制度，所使用的会计要素有资产、负债、净资产、收入、费用和利润。

预算单位适用政府会计制度，使用的会计要素有财务会计的资产、负债、净资产、收入、费用，预算会计的预算收入、预算支出、预算结余。

区别主要在于预算单位的会计核算实行双分录双体系双报告的形式，相当于除了企业的财务会计体系，还要另外加一个预算会计体系，每一笔业务要按照财务会计的规则记录一遍，同时还要按照预算会计规则记录一遍。

这种区别主要是由于二者的核算目的不同，企业是以盈利为目的的，所有的会计要素最终都是为了计算出利润而服务的。但预算单位既要通过财务会计反映运营情况、资金使用效率，又要通过预算会计反映预算执行情况，所以要用两种制度形成两种会计结果。