马尔萨什洛克港港口航道设计独特，其入口处左侧设置有一座长约60米的防波堤，作为港区与外海的界限。

进入航道前需注意，从防波堤外100米处开始，航道两旁有浅水区，其间设有浮标作为方位标志。船舶进入时应贴近右侧的南方位标，确保右距岸约0.3海里，左距防波堤约0.13海里，按照指示缓缓进入港区，整个港口并未设置导标。

航道深度在20至25米之间，港区内部的疏浚航道深度为14.5至16.5米。该港拥有两个集装箱码头，分别为Terminal No.1和Terminal No.2。其中，1号码头轴向长度为1300米至3100米，宽度约为920米至320米。码头采用钢筋水泥结构，配以橡胶质碰垫作为靠把，呈圆柱空心筒状，每隔7至8米设置一只。码头系缆桩每隔22米设置一只，泊位水深可达16.5米。码头上配有7台桥吊门机，24小时作业，但装卸效率尚有待提高。港池海水密度为1.025。