城口县档案局根据职责，设有4个内设机构，负责不同业务。

（一）办公室负责局（馆）机关的综合协调、日常管理工作，包括督办事项、文秘、政务信息、档案、信访、消防、财务、考核、精神文明、党建、廉政建设、法制、环保以及机关后勤保障服务。

（二）党史科负责党史、组织史等资料收集整理，承担党史、大事记、地方史正本和专题编纂工作。负责党史研究、信息资源和开发利用，承担重点党史保护与抢救工作，以及党史宣传教育。

（三）档案管理科（挂行政审批服务科牌子）承担档案法制建设、档案行政执法和档案违法事件查处工作。监督和指导县属机关、团体、企事业单位档案业务，指导乡镇、街道档案工作。负责档案法宣传，对全县档案队伍人员进行教育培训。确保档案馆馆藏档案规范化建设，保障档案安全，并依法向社会开放档案。

（四）方志科负责各年度政府年鉴资料搜集和编写工作，对乡镇、街道、部门志撰写的业务指导，文稿修改评审。负责地方志资料搜集、分纂和总纂工作。