CRISPR/Cas系统是细菌和古细菌形成的一种适应性免疫防御机制,用于抵御病毒及外源DNA。它分为两类:第一类包括I、III、IV型,使用多种Cas蛋白复合体;第二类包括II、V、VI型,仅使用一个具有多个结构域的Cas蛋白。第二类CRISPR/Cas系统因其简单性和高效性,更适用于基因工程应用。
CRISPR/Cas9系统在基因编辑技术中脱颖而出,与ZFN和TALENs相比,具有成本低、效率高、操作简便等优势,广泛应用于科学研究和生物技术领域。下表对比了ZFN、TALENs和CRISPR/Cas9三种基因编辑技术的特点。
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CRISPR/Cas9系统由核酸酶Cas9和单链向导RNA(sgRNA)组成。Cas9蛋白拥有两个核酸酶结构域——RuvC样结构域和HNH结构域,能够识别并切割特定DNA位点。sgRNA由反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)和CRISPR RNA(crRNA)形成,其中crRNA包含保守的重复序列和与外源DNA互补的转录间隔区,与tracrRNA结合后与Cas9蛋白结合。
TracrRNA/crRNA设计成单链小片段的向导RNA—sgRNA。sgRNA包含关键片段:3'端的双股RNA结构与Cas9蛋白结合,5'端的引导序列与目标DNA序列结合。
CRISPR/Cas9系统的作用过程包括适应阶段、crRNA生成和干扰阶段。适应阶段中,Cas9核酸酶加工外源DNA片段,生成新的间隔子整合至CRISPR阵列。干扰阶段中,成熟的crRNA引导Cas9蛋白至互补的外源核酸,切割位点通常位于PAM上游3 nt处,触发细胞DNA修复,实现基因敲除、修正或插入。