北京中医药大学的基础医学院，作为学校历史最悠久、规模最大的教学与科研机构，其渊源可以追溯至1956年创建的北京中医学院中医系。自那时起，学院不断发展和壮大。1980年，经卫生部批准，成立了中医基础理论研究所，实现了系所的融合管理，这一时期被称为中医基础医学部。在1996年1月，教育部的批准使学院进一步提升，正式更名为北京中医药大学基础医学院。

进入21世纪，教育体制进一步改革，2000年6月，原北京针灸骨伤学院与北京中医药大学合并，这一重大合并事件标志着学院进入了新的发展阶段。此次合并后，北京中医药大学基础医学院划归教育部直接管理，为学院的科研和教学工作注入了新的活力与机遇。