东京大学，日本顶尖学府之一，设有经济学研究科，但多招收国费留学生，对私费留学生而言，需选择其他研究科。工学研究科、综合文化研究科、情报学环研究科中均有经济学相关教授，直申需综合考量学生硬件条件，如专业基础、出身院校、GPA、语言成绩。

京都大学申请亦需通过AAO审核，需AAO审核通过及教授内诺后出愿，AAO审核难度较高，同样重视学生硬件条件。

一桥大学作为日本三大旧商科之一，对申请资格有限定，主要面向合作院校的未毕业学生，合作院校多为国内985院校及财经类大学，对于非合作院校学生申请门槛较高。

东北大学经济学研究科近年申请要求严格，需日语一级、英语托福70分以上，且托业成绩仅限日本考，申请者需具备良好语言能力。

名古屋大学经济学研究科要求学生拥有40个相关商科学分，直申限制转专业学生申请。国际开发研究科及环境学研究科有经济学教授，转专业申请者可考虑。

大阪大学经济学研究科教授内诺依附，申请需提交教务规定的材料，可能还需后续考试或面试。

北海道大学经济学专业强大，申请需通过事前审查及争取教授内诺，且要求日语一级合格成绩，语言准备至关重要。