南阳理工学院王牌专业有机械设计制造及其自动化、软件工程、食品科学与工程、自动化、计算机科学与技术、生物工程等。学校现设有14个省级一流本科专业建设点，包括智能制造学院的自动化和机械设计制造及其自动化，信息工程学院的电子信息工程，计算机与软件学院的计算机科学与技术，土木工程学院的土木工程，生物与化学工程学院的生物工程和食品科学与工程，张仲景国医国药学院的中医学，范蠡商学院的市场营销、财务管理、工商管理，传媒学院的播音与主持艺术，外国语学院的英语。此外，学院还实施了卓越工程师教育培养计划和省级综合改革试点项目，涵盖了土木工程、机械设计制造及其自动化、数学与应用数学等多个专业。南阳理工学院开设的专业涵盖了工学、理学、文学、艺术学等多个学科门类，包括智能制造、信息工程、计算机科学、生物工程、土木工程、中医学等专业，以及特色专业如自动化、食品科学与工程等。