南京工业大学设有众多国家级特色专业建设点，包括生物工程、安全工程、化学工程与工艺、土木工程、计算机科学与技术、材料科学与工程、无机非金属材料工程、高分子材料与工程、金属材料工程、冶金工程、复合材料与工程、过程装备与控制工程。

在教育部卓越工程师教育培养计划试点专业中，化学工程与工艺、土木工程、制药工程、安全工程、电气工程及其自动化、无机非金属材料工程、过程装备与控制工程均榜上有名。

同时，化学工程与工艺、生物工程被列为教育部专业综合改革试点专业。

江苏高校品牌专业建设工程一期项目涵盖了过程装备与控制工程、化学工程与工艺、无机非金属材料工程、生物工程、安全工程等专业。

江苏省品牌专业包括化学工程与工艺、无机非金属材料工程、过程装备与控制工程、生物工程、勘查技术与工程、安全工程、制药工程、建筑环境与设备工程。

江苏省特色专业则涵盖了自动化、建筑学、土木工程、工程管理、应用化学、机械工程及自动化、计算机科学与技术、给排水科学与工程、城市规划、环境工程等。