波士顿地区拥有众多知名学府，其中哈佛大学（Harvard University）位于波士顿市以西约5英里的剑桥市，该校在全球享有盛誉，是美国最古老的高等教育机构之一。

麻省理工学院（Massachusetts Institute of Technology, MIT）紧邻哈佛大学，同样坐落于剑桥市，以尖端科技和创新研究闻名。

波士顿大学（Boston University）则位于波士顿市中心，是一所历史悠久的综合性大学，提供广泛的本科和研究生课程。

东北大学（Northeastern University）也位于市中心，是一所专注于应用研究和职业发展的高等教育机构。

塔夫茨大学（Tufts University）则坐落于波士顿市以北的萨默维尔市，以卓越的医学和科学课程著称。

贝尔维尤大学（Bentley University）则位于波士顿市以西的沃尔瑟姆市，以商业管理和信息技术教育见长。

艾默生学院（Emerson College）同样位于波士顿市中心，专攻媒体艺术和表演艺术。

萨福克大学（Suffolk University）也坐落于波士顿市中心，提供法律、商业和人文科学等领域的课程。

除了上述大学外，波士顿地区还有其他许多高等教育机构，例如波士顿学院（Boston College）和莱斯利大学（Lesley University），它们同样在各自的领域中发挥着重要作用。