北航土木工程专业涵盖了原来的建筑工程、交通土木工程、矿井建设、城镇建设（部分）等专业，是宽口径的专业。采取高起点、高层次的土木工程专业办学宗旨。目前已引进多位留学回国的有多年教学、研究经验的专业课教师，他们大多具有博士和博士后学历，并且正积极地从国内各相关专业继续引进有丰富教学、科研经验的中青年专业课教师。该专业与香港城市大学土木工程系联合办学、以北京住宅总公司为实习基地。木工程专业的课程设置与国际注册结构工程师制度接轨，毕业生能达到报考注册结构工程师基础考试的知识水平并获得基本训练。鼓励学生选修力学、计算机和工程管理方面的课程。

1999年3月，由飞行器设计与应用力学系申请，正式下文建立土木工程系，即十八系。土木工程系设有土木工程专业，1999年首批招收两个班本科生。2000年开始招收结构工程和岩土工程硕士研究生以及结构工程专业博士研究生。2007年10月28日与原汽车工程系，航空科学与工程学院原载运工具运用工程学科合并成立交通科学与工程学院。与北航的一些招牌专业比，北航的土木的确名气不大，不过土木起点高，发展快。每年招的人不多，分数线还是比较高的。