亲和标记原理是一种生物化学技术，它利用具有特异性亲和性的试剂，针对活体高分子中特定的官能基进行选择性修饰。这些试剂设计时针对目标分子，形成试剂与高分子的特异性复合体。由于亲和性，试剂在结合部位的浓度显著增高，从而实现了对官能基的有效修饰。

以胰凝乳蛋白酶为例，如果使用其特异基质（芳香族氨基酸）的类似物TPCK（L-1-甲苯磺酰胺-2-苯乙基氯甲基酮）反应，TPCK会与苯丙氨酸侧链特异性结合，仅在活性部位的组氨酸残基上发生烷基化，以标记酶的活性中心。同样，这种技术也被应用到其他生物分子上，如标记效应物结合部位、抗体的抗原结合部位、受体的激素或神经递质结合部位、植物外源凝集素的糖结合部位，以及核糖体的核酸结合部位等，通过导入与这些位置相应的化学反应基团的试剂来实现。

最新的发展是光亲和标记技术，它利用在光照下能增强化学反应性的活体分子类似物，从那些与常规化学试剂反应性较低的部位进行特异性标记，这是一种创新且高效的方法，为生物分子的研究提供了新的手段。