你的这句话意思不完全明确，

1.如果是（自己的部门）和其他部门进行合作的意思：

他の部门との协力

2.如果是向别的部门给予的支持协作表示感谢：

他の部门のご协力（に感谢申し上げます）。

或いは：

いただいたご协力に（に感谢申し上げます）。