报关单申报业务流程分为自理报关和委托报关两种模式。

自理报关流程包括：

1. 自理报关单位通过中国电子口岸进行网上录入、申报、查询、打印报关单，以及查询海关回执等操作。首先，报关单位需要下载本企业的征免税证明、加工贸易手册或加工区备案清单，然后脱机录入报关单数据至本地数据库。接着，录入数据并提交后，将数据信息上载至数据中心，进入自理报关审核申报业务流程。随后，报关单位对报关单进行逻辑性及填报规范性的审核，确保报关单可以向海关申报。若审核不通过，需下载本地进行修改，重新上载至数据中心，并重新审核。审核通过后，进入自理报关申报确认业务流程。最后，报关单位确认申报报关单，经申报确认后的报关单通过公共数据中心传输至海关内部网。若在申报确认时发现报关单填制逻辑问题，需下载本地修改，修改完毕后重新上载至数据中心，重新审核和申报确认。最后，报关单位打印经海关审核通过的报关单，并携带其他单证去海关办理通关手续。

委托报关流程包括：

1. 受理委托报关的单位包括专门从事报关服务的企业（专业报关企业）和兼营报关服务业务的企业（代理报关企业）。受理委托报关的单位代理办理报关手续，包括报关单录入时的备案数据下载协议、报关单审核委托书、报关单申报委托书或报关单审核申报和申报确认委托书，并向海关出具委托单位的报关委托书。

报关单录入申报子系统提供进出口单位通过网上填写申报委托书或备案数据下载协议，委托有权代理报关业务的单位代其办理某项报关业务，如报关单录入、审核、申报或审核和申报。有权进行代理报关业务的单位在网上接受并确认委托单位的报关委托申请，并在授权范围内代理委托单位网上办理相应的报关业务。代理报关单位进行报关单录入、审核、申报业务流程，与自理报关流程类同，只是在代理报关过程中，代理单位需先通过本系统与委托方签定委托报关协议。

转关运输提前录入、申报业务流程包括：

1. 自理报关企业、专业报关企业、代理报关企业通过中国电子口岸办理所需的转关运输提前录入、申报业务。代理报关企业、专业报关企业应用该系统进行转关运输报关单、转关运输申报单的提前录入、申报时，需事先通过本系统与委托方签定委托报关协议。

报关单清单录入申报业务流程包括：

1. 报关单清单单位的录入员进入中国电子口岸报关清单页面，下载备案数据后，脱机录入报关单清单。录入完毕后，将所录的报关单清单数据信息上载至数据中心。报关单清单单位的操作员持有操作员卡进入中国电子口岸报关清单页面，查询所上载报关单清单的回执信息。如报关单清单回执状态为已通过，则下载已通过的报关单清单，以进行报关单的操作。