按照财政部门的设计，“零余额账户”在每日是不会有用款额度余额存在的，也不会有存款利息产生的。但事实并非如此，在具体运作的过程中，就有利息的产生。

对于零余额账户内的利息收入，财政国库支付执行机构的规定是：预算单位开张现金支票把其取出，作为“其他收入”处理即可。

“零余额账户”存款利息的会计处理：

开转账支票从代理商业银行向财政部门的“往来资金专户”划转存款利息时;：

借：财政应返还额度---集中支付资金往来户

贷：其他收入---利息收入

使用申请批准额度到账时，

借：零余额账户用款额度

贷：财政应返还额度---集中支付资金往来户