农民苗木种植专业合作社在成为一般纳税人后确实需要交税。这类合作社在销售农作物时原本可以免增值税（属于免交国税），因为增值税可以免除，所以城建税、教育费附加、地方教育费附加也同样免除（即地税也免）。合作社还免交企业所得税，并且不用缴纳印花税。不过，一旦合作社转为一般纳税人，其纳税（增值税）税率将为17%。一般纳税人的申报标准是：工业企业年销售收入额达到100万元以上，商业企业营业收入超过180万元以上。若未达到上述标准，则只能按小规模纳税人办理纳税，其税率分别为6%和4%。一般纳税人的进项税可以进行抵扣，而小规模纳税人所发生的材料进项税则不可抵扣。

一般纳税人的主要优势在于可以进行进项税的抵扣，这有助于降低企业的税负。而小规模纳税人则面临进项税不可抵扣的限制，这在一定程度上增加了其税务负担。不过，对于农民苗木种植专业合作社而言，选择成为一般纳税人还是小规模纳税人，需要根据自身的实际情况来决定。

例如，如果合作社的销售收入已经达到了一般纳税人的申报标准，那么选择成为一般纳税人可能更为有利。因为这样可以在一定程度上降低企业的税负，提高企业的竞争力。然而，如果合作社的销售收入尚未达到一般纳税人的申报标准，那么选择成为小规模纳税人则更为合适。因为这样可以简化企业的税务手续，降低企业的税务成本。

此外，合作社还需要注意的是，一般纳税人需要进行进项税的抵扣，而小规模纳税人则不需要。因此，合作社在购买材料时需要特别注意，选择合适的供应商，以便更好地进行进项税的抵扣。

总的来说，农民苗木种植专业合作社在成为一般纳税人后确实需要交税，但是通过合理选择一般纳税人或小规模纳税人身份，合作社可以更好地降低税务负担，提高自身的竞争力。