公司更换财务负责人的流程涉及多个步骤，确保合法合规至关重要。

首先，需确定税务变更的办理地点。单位更换财务负责人时，须同时向主管国税局和地税局提交申请。忽视任何一个局的变更可能导致不利后果。

接下来，填写变更申请表。到达税务机关后，向办税服务厅的窗口工作人员说明情况，领取相关表格并填写税务变更申请表，以供税务机关审批。

然后，提交身份证明文件。须向税务机关提交新财务负责人及其法人代表的身份证复印件，以供身份核验。

此外，提供新财务负责人的任职文件。包括任职通知或任命书，以证明其已被单位正式任命为新的财务负责人。

新的财务负责人需提供从业资质证明。例如，会计师资格证书等，并提供相应的复印件。

最后，通知税务机关的管理人员。通常情况下，每个企业都有一位专管员。一旦财务负责人更替，应及时通知专管员，以便于更新记录。

根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司的高级管理人员，包括控股股东、实际控制人、董事、监事和高级管理人员，禁止利用关联关系损害公司利益。如有违反，需对公司造成的损失承担赔偿责任。

同时，《中华人民共和国公司法》第四十九条规定，有限责任公司可以设立经理，由董事会决定聘任或解聘。经理对董事会负责，并拥有多项职权，包括主持公司的生产经营管理工作、组织实施董事会决议、拟订公司内部管理机构设置方案等。同时，经理也有权提名或解聘副经理和财务负责人，并决定其他负责管理人员的聘任或解聘，除非这些事项由董事会直接决定。如果公司章程中对经理的职权有其他规定，应遵循章程的规定。经理还有权列席董事会会议。