1、你说的分公司跟总公司应该是跨不同县市的吧？那样的话，如果你们没有单独向税务局申请汇总纳税，并且分公司有单独的在当地进行工商和税务登记，那么分公司应该自行独立纳税；如果申请汇总缴纳了，或者分公司没有单独做工商和税务登记，回总公司一起汇总申报纳税

2.货运代理分公司，没有什么特别的统一免税政策，当地地税务有没有，那就要看各地方了

3.如果说是总公司汇总缴纳，就直接把分公司的全部收入费用汇总到总公司一起就行啦，就当这个不是分公司，分公司的业务正常在总公司入账，申报纳税