集团公司合并报表的合并方式主要有两种，适用于同一控制下的企业合并时，被合并方的资产与负债应以其账面价值纳入合并报表；而对于非同一控制下的企业合并，则需按照合并成本与被购买方可辨认净资产公允价值之间的差额，确认为商誉或营业外收入。

在编制合并报表时，如果子公司是集团公司的一部分，母公司通常会选择直接采用子公司的集团合并报表。这样做不仅简化了操作流程，也大大节省了时间。如果采用子公司的个别报表，则需要将孙公司的报表再次合并，这无疑会增加额外的工作量，而且并无实际意义。

此外，需要注意的是，子公司的少数股东权益处理也有所不同。如果这些少数股东属于母公司所属的其他单位，则需要将这部分少数股东权益进行转销处理。但若少数股东是母公司系统外的实体，则应保留这部分权益，确保合并报表的准确性和完整性。

在实际操作中，财务人员需要根据具体情况灵活选择合并报表的方法，并确保所有相关信息准确无误地反映在合并财务报表中，以提供清晰、可靠的财务信息。