如东县能源生态局内设机构包含多个部门，旨在高效执行能源生态相关工作。其中：

办公室：

负责局机关日常事务、行政管理、协调各部门工作、接待联络、机关党群、监察、离退休干部管理、文书、政务公开、新闻发布、档案、机构编制、组织人事、保密、信息、调研、综合统计、安全保卫、后勤保障、重大活动组织安排、对外合作协调、能源机构及组织联系等工作。

发展规划科：

负责全县能源资源的勘探调查、数据收集整理、能源发展战略研究与规划制定、能源企业发展规划与生产计划指导、能源生产项目前期工作组织与协调。

工程管理科：

根据全县能源发展规划，负责能源生产项目组织施工、工程招投标、质量管理、施工管理、安全管理和竣工验收，协调能源生产企业与各相关职能部门的关系，解决项目推进过程中的重大问题。

行业管理科：

承担能源行业管理与行政执法工作，指导协调能源发展，实施能源行业节能及综合利用政策，指导协调农村能源发展。

财务审计科：

负责局机关财务管理，包括财务收支计划与预算编制、日常收支审核结报、会计核算、人员工资与福利管理、经费执行情况分析与年度决算编制、财务信息提供、行政事业性收费票据管理、经费申请报告呈报跟踪、资产管理与政府采购计划申报实施、会计档案整理与保密、能源企业生产经营统计等工作。