可以在河南省南阳市公安局外事处、河南省南阳市公安局直属分局出入境管理处、河南省南阳市南召县公安局出入境管理科等地办理。

根据南阳本地宝查询可得，河南省南阳市港澳通行证可以在河南省南阳市公安局外事处、河南省南阳市公安局直属分局出入境管理处、河南省南阳市南召县公安局出入境管理科等地办理，往来港澳通行证，俗称双程证，是由中华人民共和国出入境管理局（即国家移民管理局，一个机构两块牌子）签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。