2000年6月，北海万科幼儿园正式开园，开启了其教育历程。同年3月，人民日报以《蒙台梭利教育观念的新启示》为题对其进行了深度报道，彰显了幼儿园的教育理念。

8月，幼儿园举办了“蒙台梭利教育中国化研讨会”，进一步推动了教育实践的发展。9月，人民日报海外版关注报道《童稚的花园——万科城市花园幼儿园》，展示了幼儿园的教育环境和成果。

10月，幼儿园经过民政局批准，更名为北京市顺义区万科城市花园幼儿园，正式成为顺义区的一部分。接下来的时间里，幼儿园的成绩不断涌现，如2002年2月，幼儿参加北京市电视台比赛，荣获优秀奖；同年10月，园内幼儿作品在“中日快乐天使玩教具展评”中获奖。

2003年9月，幼儿园荣获北京市顺义区教育先进集体的荣誉，接下来的几个月，相继获得了“民办非企业先进单位”和“北京市顺义区教育系统先进集体”等称号。2004年，幼儿园的教育质量得到了更大的认可，被评为北京市先进民办园和北京市顺义区教育系统先进集体。

2005年，幼儿园的医疗服务也得到肯定，荣获“北京市医疗互金优秀组织奖”和“北京市优秀教育集体奖”。2006年，食堂被北京市饮食行业协会评为“A级单位”，并因在少儿住院医疗互助金工作中表现优秀，荣获优秀组织奖。

2006年9月，万科城市花园幼儿园被评为北京市“辛勤育苗学前教育工作先进单位”，并在2007年2月被评为“顺义区基层平安建设先进单位”。同年9月，再次被评为顺义区教育系统先进集体，显示了其在教育领域的持续进步。

2008年，幼儿园在“我最喜欢的幼儿园”评选中脱颖而出，成为最受家长喜爱的教育机构。2008年10月，北京市教委为幼儿园颁发荣誉证书，表彰其在连续三年的考核中成绩优秀。2009年12月，万科城市花园幼儿园荣膺“全国优秀民办幼儿园”的称号，充分体现了其在教育领域的卓越表现和广泛的赞誉。