江苏科技大学和南通大学都是省部共建的省属重点大学，从整体来看，两者都有各自的优势，具体情况还需根据个人兴趣和职业规划来选择。

在专业设置上，江苏科技大学的学科门类相对较为狭窄，重点偏向于船舶相关领域。而南通大学的学科门类则更加全面，除了常规的工科专业外，还涵盖了医学、人文社科等多个领域，为学生提供了更为广泛的选择。

从就业角度来看，江苏科技大学的毕业生在船舶制造和海洋工程领域具有一定的优势，能够为学生提供更多的实践机会和就业机会。而南通大学的毕业生则在医学、管理、教育等多个领域具备竞争力，有助于学生拓宽职业发展道路。

总体而言，选择哪所学校主要取决于个人的兴趣和职业规划。如果对船舶制造和海洋工程有浓厚兴趣，江苏科技大学可能是更好的选择。但如果希望在更多领域发展，南通大学可能更适合。

此外，两所学校都注重培养学生的实践能力和创新能力，提供丰富的实践机会和科研平台。学生可以根据自身的兴趣和职业目标，结合两校的具体情况，做出最适合自己的选择。