中国教育会时驻日公使蔡钧禁止各省私费留日学生学习陆军，率众到使馆请愿的吴敬恒（稚晖）、孙揆均被押解回国。1902年8月13日，中国教育会在上海开会欢迎吴、孙，他们在会上报告东京留学风潮经过。22日，继续开会时提出“此后留学生由中国教育会报送，不归公使主办”，和自设学堂，不必赴日留学。1902年11月14日，上海南洋公学学生因受校方压迫而集体退学。16日，请求中国教育会协助。21日，开特别会议，决定建立共和学校，由蔡元培任学校总理，吴敬恒为学监，黄炎培、蒋智由、蒋维乔等为义务教员，后定名为爱国学社。不久，又办爱国女学校。此外，常熟支部办有塔后小学，吴江支部创办同里自治学社，吴县创办吴中公学社，杭州创办杭州公学社，还拟设绍兴教育会，规模悉仿爱国学社。会员还为《苏报》撰文，对“振兴学务”、“救国保种”的革命宣传起过作用。1907年该会活动停止。