海南地区的券商在沪港通、深港通手续费的设定主要由几个部分组成：佣金、交易税费、结算费用。佣金部分，最高不超过成交额（折算成人民币）的0.3%，5元起收。交易税费包括印花税、交易征费和交易费，印花税双边按成交额的0.13%计收，交易征费双边按成交额的0.0027%计收，交易费双边按成交额的0.005%计收。交易系统使用费双边每笔交易0.5港币。结算费用包括股份交收费和证券组合费用。股份交收费双边按成交额的0.002%计收，每边最低2港币，最高100港币。证券组合费用根据持有港股的市值设定不同的费率，对每个持有港股的A股证券账户进行收取，不交易也需要缴纳。证券组合费用大致收取标准：不高于500亿港元，年费率0.008%。买入后会收取3%的汇率保证金，t+2或t+3结算后返还。

在手续费中，佣金部分是券商可以调整的部分，通常参照一般A股交易手续费。建议选择在全国和当地排名前列的大券商开通服务。大券商通常在投资研究（投研）、客户服务方面具有优势，费用也相对更优惠，相比直接现场开户能获得更大优惠。

总结而言，海南地区的券商在沪港通、深港通手续费的设定主要关注佣金、交易税费和结算费用，其中佣金部分是可调整的，大券商在服务和费用上具有明显优势。投资者在选择券商时，应综合考虑服务质量和费用优惠，以实现投资成本的有效控制。