南京浦口区域汇集了多所知名高等学府，包括南京信息工程大学、南京工业大学、南京审计大学、南京农业大学、江苏第二师范学院、南京铁道职业技术学院、江苏警官学院、南京大学金陵学院、东南大学成贤学院。这些学府各具特色，共同构成浦口地区高等教育的繁荣景象。

南京信息工程大学，被誉为“中国气象人才摇篮”，由江苏省政府、教育部、中国气象局、国家海洋局共建，是国家“双一流”计划中的一流学科建设高校。

南京工业大学，简称“南工”，建校历史悠久，是国防科技工业局、住房和城乡建设部与江苏省政府共建高校，首批入选国家“2011计划”的14所牵头高校之一，同时参与国家“111计划”和国家建设高水平大学公派研究生项目。

南京审计大学，简称“南审”，是中国唯一以“审计”命名的全日制普通本科院校，其办学历史与中国审计事业同步发展，是审计高等教育的发源地之一。2011年，学校变更为三部一省共建高校（审计署、教育部、财政部和江苏省）。

南京农业大学，位于南京，是一所以农业科学与生命科学为优势和特色的教育部直属全国重点大学，其学科涵盖农、理、经、管、工、文、法学等多领域，参与国家“双一流”、“211工程”、“985工程优势学科创新平台”建设。

江苏第二师范学院，简称“江苏师院”，位于历史文化名城南京，是国家级中小学骨干教师培训基地、中小学骨干校长培训基地、教育部中小学校长领航班培训基地和全省唯一的教师教育改革实验基地、江苏省决策咨询研究基地、江苏教育强省建设研究基地。