在本科成绩不佳的情况下，想要申请日本研究生，首先需要明确的是，在毕业之后你需要办理一系列留学手续。如果你决定要留学的话，应该在大四下学期就开始着手准备，先到日本学习日语，选择语言学校作为起点。

想要直接进入研究生课程，必须通过日语一级考试，这是基本条件之一。虽然英语成绩的要求不是特别苛刻，但在面试时可能会被问及，因此也需认真对待。此外，你还需要在语言学校期间积极寻找导师。通常，语言学校的老师能够为你提供帮助，协助你找到合适的导师。

至于选择国立大学还是私立大学，这取决于你的能力和意愿。一般来说，国立大学的学费较低，但竞争也更为激烈。私立大学虽然学费较高，但可能提供更多资源和机会。因此，在国内本科毕业时，获取教授或学校推荐信非常重要，这将有助于你申请导师，增加成功的机会。

最后，无论当前状况如何，最重要的是，你必须充分利用在日本学习语言的这两年时间。这段时间不仅能够提高你的语言能力，还有助于你更好地了解日本文化和社会，为未来的研究和生活打下坚实的基础。