工程款项在会计处理时涉及多个科目。具体入账需考虑款项性质、项目进程以及会计准则。

首先，购买48万元的材料时，由于资金支出与项目紧密关联，应计入“工程施工”科目下的“材料费”子科目。借方记录材料成本48万元，贷方记录银行存款48万元。如此操作，旨在反映项目成本与资金流动。

其次，收到对方公司支付的20万元工程预付款时，应区分款项性质。借方记录银行存款增加20万元，贷方则根据款项来源分为两部分：一部分记录为预收账款，金额为70万元，反映尚未结算的部分；另一部分则记录为应收账款，金额为50万元，代表未来需结算的款项。这样操作，有助于清晰展现项目资金状态与收入情况。

综上，工程款项的会计处理需综合考虑项目成本、收入、资金流动及会计准则要求，确保财务信息的准确与透明。正确分类与记录工程款项，不仅有助于企业有效管理资金，还能确保财务报表的合规性与可靠性。