支付工程款的会计分录取决于具体的支付方式。当使用现金进行支付时，会计分录如下：贷：银行存款（或现金）（资产类科目）。例如，如果支付了100,000元工程款，并通过银行转账完成，会计分录为：贷：银行存款100,000元。

如果使用其他资金支付工程款，例如预付款或外部融资等，则会计分录会有所不同。在这种情况下，会计分录应为：借：施工在建工程（资产类科目）。这表示将资金用于在建工程项目的开支。

值得注意的是，支付工程款时，会计人员应根据实际的支付方式选择合适的会计科目进行记录。银行存款或现金科目的贷方增加表示现金流出，而施工在建工程科目的借方增加则表示资产的增加。

此外，支付工程款时还需关注相关的凭证管理。确保每笔支付都有相应的发票、收据等凭证作为支持，以确保会计记录的准确性和合规性。

在进行会计分录时，应确保遵循企业内部的会计政策以及相关的法律法规。不同企业的会计政策可能有所不同，因此，在实际操作中应参考企业的具体规定。

最后，支付工程款的会计处理还应与项目管理、合同管理等其他业务流程相结合，以确保整个项目的财务状况得到准确的反映。