拍卖公司应纳的税种主要包括营业税、增值税、所得税、印花税以及城市维护建设税等。

具体解释如下：

一、营业税

拍卖行在拍卖过程中会涉及到中介服务收入，这是其主要的收入来源。根据税法规定，拍卖行所取得的中介服务收入需要缴纳营业税。

二、增值税

对于拍卖过程中产生的商品增值部分，拍卖公司需要缴纳增值税。增值税是对商品或服务的增值部分进行征税的一种税。

三、所得税

拍卖公司的经营所得，无论是盈利还是亏损，都需要依法缴纳企业所得税。所得税是根据公司的盈利状况和税法规定进行征收的一种税。具体来说，公司的盈利减去允许扣除的成本和费用后，对余额部分进行征税。拍卖公司在计算所得税时，应严格遵守税法规定，确保税务处理的准确性。

四、印花税

在某些情况下，拍卖合同可能被视为印花税的征税对象。印花税是对特定交易行为或凭证进行征收的一种税。具体是否征税以及税率如何，需要根据当地的税法规定来确定。此外，城市维护建设税也是拍卖公司可能需要缴纳的一种税，具体金额取决于公司的营业额和所在地区的税率。拍卖公司在运营过程中应密切关注税法变化，确保合规纳税。

综上所述，拍卖公司在运营过程中需要根据其业务活动和所在地区的税法规定，依法缴纳相应的税款。