公司运费应记入运输费用科目。

详细解释如下：

运费作为公司经营活动中一个重要的成本支出，应当被准确记录。在会计记账中，运费通常被归类到“运输费用”科目。这一科目主要涵盖与运输相关的各种费用，包括但不限于货物的长途运输费用、短途转运费用以及相关的装卸费用等。这些费用是企业为了生产和销售产品而发生的必要支出，应当作为企业运营成本的一部分进行核算。准确记录运费对于企业的财务管理和成本控制至关重要。通过对运输费用的分析，企业可以更好地了解物流环节的成本结构，优化运输管理，进而降低运营成本，提高企业效益。因此，财务人员在进行会计处理时，应确保将运费正确记入运输费用科目，以便进行准确的成本核算和财务分析。

以上内容简洁明了，直接回答了问题，并详细解释了为什么公司运费应记入运输费用科目。这样的处理方式有助于企业更好地管理其运营成本，并为决策提供准确的数据支持。