稻盛经营思想体系划分为这样三个层次、三个部分，即：(1)经营哲学；（2)经营理念；（3)经营手法。

阿米巴经营模式其实属于第三部分经营手法，必须建立在前两个部分的基础之上，在稻盛经营思想体系之中，第一部分经营哲学与第二部分经营理念是必不可少的基础，而第三部分阿米巴经营手法，其实是附属部分，属于锦上添花，而不是雪中送炭。

阿米巴经营模式并不是包治百病的药方。如果企业希望采用阿米巴经营模式，那么稻盛经营思想体系的前两个基础部分(1)经营哲学与（2)经营理念必须已经牢牢地夯实了才行，否则阿米巴经营就成了失去基础的空中楼阁。如果真的希望解决企业的根本问题，就必须要动企业的根、动企业的本，这才叫做根本之法，必须从企业的根本思维方式上进行转变。也只有在根本上下了工夫，才能够寻找到企业发展的真北。其实，阿米巴经营就是一种依赖于动企业根本、动企业家根本利益与根本思维的方法，它的根扎得很深，并不是表面看起来那么简单，更不是只做表面文章。