1、资本溢价是指投资人投入的资金超出其在注册资本中所占有份额的那部分资金。也就是说必须有注册资本，才会出现资本溢价，而不能将后续投资全部记入资本公积。这样核算是不允许的。

2、你企业在施工中按正常程序核算，收到政府出资时作为营业收入，这样最后自动就能结转出利润了。

补充：

记载资金账簿的印花税，是按“实收资本”和“资本公积”的合计金额的万分之五贴花。这就是说，“资本溢价”同样要交纳印花税。

其实以上问题很好解决，按照“会计主体”的原则，股东个人的财产与公司的财产是两种性质的，这样的话，你们就没有必要非得增资，作为借股东的款也可以，等工程完工结算后再归还就行了。这是融资的一种渠道，是合法的，这样借款合同的印花税是万分之0.5，双方加起来才万分之一，100万，一共才交100元印花税，就很少了吧。

如果按你的说法，政府只是在完工时付给你们公司1/3的款，是不是可以这样理解：假如工程总价为300万元，政府在工程完工时付给你们100万，而它并没有实际参与施工。如果是这样的话，那就可以做为你们的收入核算。举个简单的例子：

工程总价300万元，你们的施工成本是250万元，结算方付给你们200万元，政府付给你们100万元，那你们这项工程盈利就是50万元。