南通大学是由南通工学院、南通师范学院和南通医学院合并而成的。其中，南通医学院的学术水平和教育质量相对较高，而其他两所学院则相对较弱。

对于安徽工程大学，我建议直接忽略。安徽理工大学和安徽工业大学都位于小城市，知名度不高，总体实力相差不大。

江苏科技大学则位于地理位置优越的长三角地区，就业市场和教学质量都较好，总体来说比其他几个学校要好一些。

综合来看，江苏科技大学在地理位置、就业市场和教学质量等方面都占据优势，是更值得选择的学校。

南通大学的优势在于其医学院，而在其他方面，它与其他院校相比并无明显优势。

对于安徽工程大学、安徽理工大学和安徽工业大学，它们都面临同样的问题，即地处小城市，知名度不高。尽管它们在某些方面可能有各自的特色，但从整体实力来看，它们之间的差距不大。

相比之下，江苏科技大学位于长三角地区，这使得它在就业市场和教育资源方面具有明显优势。因此，它在整体实力上要略胜一筹。

总的来说，如果要在这几个学校中做出选择，江苏科技大学无疑是一个更好的选择。