有。

1、学院设置：哈工大卓越工程师学院是哈尔滨工业大学内设的一个学院，专门培养具有卓越工程师素质的学生。而哈尔滨工业大学本部则是整个大学的核心部门，包括多个学院和研究机构，提供全面的学科教育和研究。

2、专业设置：哈工大卓越工程师学院会有特色的专业设置，重点培养工程领域的卓越人才。而哈尔滨工业大学本部则涵盖了更广泛的学科领域，包括工科、理科、文科、管理学等多个领域。