在讨论合肥工业大学与南京农业大学的强弱时，合肥工业大学略胜一筹。

合肥工业大学是教育部直属，与安徽省共建的双一流高校。其前身隶属于国家机械工业部，以工科见长，机械工程、电力系统与自动化、管理科学与工程等学科实力突出，1960年即被列为全国重点大学，全国高校排名在60～70之间。与此相比，南京农业大学作为教育部直属与江苏省共建的双一流高校，虽以农业科学著称，但在全国高校排名中位居120～140之间。

两校性质虽有差异，但综合考量办学实力、学校声誉、社会知名度及博士学位点等指标，合肥工业大学的整体表现更显优势。这种比较并不是简单的高低之分，而是体现出两校在不同领域内的专业特色与学术贡献。