吉林动画学院最好的专业是动画专业。

吉林动画学院是国内一流的动画教育和研究基地，其中动画专业是该校最具优势和特色的专业之一。

一、吉林动画学院的动画专业拥有强大的师资力量。学校聚集了一批在动画领域有深厚造诣和丰富实践经验的教师，他们不仅拥有高超的技艺，还紧密关注行业动态，将最新的技术和理念传授给学生。

二、该专业实践教学环节丰富。学校非常重视学生的实际动手能力，因此在课程设置上加入了大量的实践项目和实训课程，使学生能够将所学理论知识与实践相结合，提高技能水平。

三、与产业紧密对接。吉林动画学院的动画专业注重与产业界的合作，与众多动画企业建立了合作关系，为学生提供了良好的实习和就业机会，使学生能够更好地适应行业需求。

综上所述，吉林动画学院的动画专业因其强大的师资力量、丰富的实践教学环节以及与行业的紧密对接，被认为是该学院最好的专业之一。