农村宅基地确权程序由权利人主动申请，具体步骤如下：

第一步，申请。由村民向本辖区内国土资源所（或国土资源分局）提出书面申请。

第二步，权属审核。国土资源所（分局）进行土地登记资料的初审，县国土资源局审核。审核无异议后，以国土资源局名义发布公告，公告时间不少于7日。公告到期后，统一报请县人民政府审批。

第三步，注册登记。填写《土地登记卡》和《共用宗土地登记卡目录》，填写《土地归户卡》，组装《土地登记簿》，并进行材料归档。

第四步，颁发证书。完成所有步骤后，将颁发证书，正式完成宅基地确权。

法律依据为《中华人民共和国民法典》第二百零九条，该条款指出，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。同时，依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不进行登记。