快递公司提供的一系列服务分为两类：“物流辅助服务”和“交通运输服务”。收件服务、分拣服务、派件服务属于“物流辅助服务”中的收派服务，适用于6%的税率。而快递公司之间在各集散中心间的函件和包裹运送则属于“交通运输服务”，适用9%的税率。快递公司需分别对不同业务类别进行核算，并按照相应的税率征税。

具体来说，当快递公司从寄件人收取函件和包裹，并将其运送到同城集散中心时，此为收件服务。在集散中心，快递公司对函件、包裹进行分类、分发，这属于分拣服务。最后，快递公司从集散中心将函件和包裹送达同城收件人，这是派件服务。这三个环节都属于“物流辅助服务”，适用于6%的增值税税率。

然而，当快递公司需要将函件和包裹在不同集散中心之间运送时，这属于“交通运输服务”，应适用9%的增值税税率。因此，快递公司需要明确区分其提供的服务类别，并根据服务类别分别核算，以确保准确适用对应的税率。

综上所述，快递公司应根据其提供的服务类型，即收派服务或交通运输服务，分别核算并适用相应的6%或9%增值税税率。正确区分服务类别，有助于公司合理合规地进行税务处理，同时也能确保其税负的公平性和透明性。